滞留发票一般是指销货方对购货方开具增值税专用发票，而购货方由于种种原因在规定期限内未将专用发票认证及抵扣的增值税专用发票。那么，大家是否知晓，企业滞留发票需要怎么解决？滞留发票影响纳税信用吗？下面，之了君给大家解读一下。
企业有滞留发票要怎么办？滞留发票过多会影响纳税信用吗？
首先，滞留发票本身不直接扣分影响纳税信用，但可能触发税务系统风险预警，间接影响企业纳税信用等级。若滞留发票长期未处理，或税务机关核查时发现滞留原因不合理（如无实际业务却取得发票、虚假交易导致发票滞留），可能被认定为“异常凭证”“虚开发票风险”，面临补缴税款、滞纳金及罚款的处罚；情节严重的，税务机关会在纳税信用评价中扣分，甚至降低信用等级，同时可能限制发票领用额度，影响企业正常经营。
其次，公司遇到滞留票，需按具体原因针对性处理，确保税务合规：
1.进项发票因管理不善丢失，造成无法勾选抵扣：
企业无需要求销售方重开发票，应尽快与销售方联系，获取其在电子税务局开具的《丢失增值税专用发票已报税证明单》，搭配发票记账联复印件，即可作为勾选认证和申报抵扣的合法依据。若无法获取上述凭证，需按税法规定，将无法抵扣的进项税额作转出处理，计入相关成本费用。同时，企业应建立完善的发票保管制度，指定专人负责发票收发、存档，防止类似情况发生。
2.因货款或产品质量纠纷，导致销售方拒绝提供发票：
事前应在签订合同时，明确付款节点、交货标准、质量异议处理及发票开具时限等条款，从源头减少纠纷。若已发生纠纷，应优先与销售方协商解决；协商无果的，可通过仲裁、诉讼等合法途径维权，要求对方履行开票义务。在纠纷解决前，企业可按权责发生制暂估相关成本费用，待取得合规发票后，再按实际金额调整账务与税务处理。
3.发票勾选认证前/后，货物用途改变（如用于非税项目、简易计税项目），导致进项不能抵扣：
无论用途改变发生在认证前还是认证后，核心处理原则为“先认证（若已取得），再按规定转出”。已取得发票的，先勾选认证确认发票真实性；后续发现用途改变的，及时将对应的进项税额作转出处理，计入相关成本费用。企业需加强内部流程管理，对货物用途变更进行台账记录，留存用途改变的证明材料，避免税务风险。
4.账外经营（隐瞒收入、购销均不入账）导致进项专票不认证抵扣：
此类行为属于严重违法行为，会构成偷逃税款。企业需立即整改，如实申报未入账收入，补缴相应的增值税、企业所得税及滞纳金；若偷逃税款数额较大、情节严重，还可能构成逃税罪，承担刑事责任。企业应坚决杜绝账外经营，建立规范的财务核算体系，确保发票、业务、资金三流一致。
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